清入关前后，通过以联姻、拉拢以及武力征服等手段，逐步确立起了对漠南蒙古的统治地位，并摸索出了盟旗制度这一有效手段，实现了对各部人众的统一管理。
内札萨克蒙古东三盟，就是在这一背景下建立，并确立起了外藩札萨克旗式的地方行政建制。
早在努尔哈赤、皇太极时期，为了与明朝以及察哈尔部相抗衡，后金（清）政权即通过联姻、结盟、武力征讨相结合的方式，逐步收服了漠南蒙古。满洲皇室与蒙古贵族间长期、频繁的联姻活动是清朝的一项国策。
据今人统计，“总计入关前后的整个清朝，满蒙联姻多达次”。其中，尤数漠南科尔沁部与清皇室的姻亲关系最为密切，早在努尔哈赤建立后金政权之前，二者就已经开始以联姻来强固彼此间的政治合。
努尔哈赤于万历四十年迎娶科尔沁部明安台吉之女，此为清皇室与科尔沁部联姻之始。
此后，努尔哈赤子阿济格迎娶科尔沁贝勒孔果尔之女，皇太极先后迎娶了科尔沁贝勒莽古斯之女额尔德尼其其格，后谥为孝端文皇后，以及科尔沁贝勒宰桑之女海兰珠、布木布泰两姐妹，海兰珠谥哀妃，布木布泰谥孝庄皇后，即顺治帝之母。
除科尔沁部贵族之女频繁嫁为清廷后妃之外，清朝皇女下嫁科尔沁部亦不在少数。除一般王公宗室之女出嫁外，清皇室共有八位公主（包括皇室抚养宗王之女封为公主），嫁于科尔沁部。
昭乌达盟、卓索图盟诸部与清皇室间的联姻关系亦颇密切。尤数喀喇沁部和敖汉部为最，至于巴林、奈曼、翁牛特、阿鲁科尔沁、郭尔罗斯、东土默特诸部，也都不同程度地与清廷存在联姻关系。
乾隆二年，清廷所定“备指额附”的13个札萨克旗，即科尔沁左翼前、中、后三旗，科尔沁右翼前、中二旗，喀喇沁左、中、右三旗、土默特左翼旗，巴林右翼旗、奈曼旗、翁牛特右翼旗、敖汉旗，无一例外均属哲里木、昭乌达、卓索图三盟，更能说明其与清廷间联姻关系的紧密。联姻是连接满蒙贵族的政治纽带。
通过长期而频繁的联姻，清廷与包括东三盟在内的漠南蒙古各部保持着友好关系，不仅稳固了北部边疆地区的统治，也获得了入关定鼎所必需的重要后方基地。
与亲昵联姻关系的建立相同步，面对锐意恢复北元大汗权威的察哈尔林丹汗的挑战，清初统治者还擅长运用离间、拉拢的政治手段，并辅之以适时的军事征伐，软硬兼施，互为表里，藉以进一步推动漠南蒙古的内部分化，最终使其各部先后投归后金。
作为蒙古诸部名义上的宗主，察哈尔林丹汗在后金政权崛起，并不断拉拢邻近蒙古部落的局面下，力图强行恢复北元汗廷的集权统治，因之招致漠南蒙古各部贵族的不满。
为求自保，嫩科尔沁部首先试图建立与后金之间的同盟关系，藉以抵御察哈尔部进攻。
天命九年，林丹汗率兵进攻嫩科尔沁部，其首领奥巴洪台吉求援于后金，努尔哈赤派八旗兵来援，将林丹汗之兵逼退。天命十一年（）六月，奥巴洪台吉亲朝努尔哈赤，接受“土谢图汗”赐号。
自此，嫩科尔沁部及其亲族部落扎赉特、杜尔伯特、郭尔罗斯自此臣附后金，是为哲里木盟之前身。
八月，皇太极继位，仍沿用其父策略，以武力为后盾，利用察哈尔林丹汗不得人心的集权举措，不断拉拢漠南诸部归附。
天命十一年十月，皇太极以通好明朝、袭杀后金边堡哨探为由，出兵征讨漠南左翼内喀尔喀五部。林丹汗为壮大自身势力，非但不予援救，反而落井下石，乘机抄掠溃退至西拉木伦河以北的内喀尔喀人众。
五部中之扎鲁特、巴林两部，被迫逃入科尔沁境内避难，继而于天聪二年（）归附后金。
内喀尔喀五部溃乱之后，属察哈尔万户的敖汉、奈曼两部，亦陷入前恐后金大举来袭，后惧林丹汗乘机吞并的两难境地。在皇太极的招诱下，两部权衡利弊，终在天聪元年五月东迁辽河，归附后金。
失去敖汉、奈曼之屏障后，林丹汗因恐后金大兵来袭，率察哈尔万户主力西迁避敌，并袭取漠南右翼诸万户。
天聪二年九月，林丹汗在挨不哈之战击溃土默特、喀喇沁、鄂尔多斯三万户联军，一时间尽占漠南蒙古右翼之地。
与林丹汗的倒行逆施，擅行杀伐形成鲜明对比，皇太极的招抚、安置、优待逃难部落的做法，进一步壮大了后金政权在蒙古诸部内的影响力。
天聪四年，远在漠北的阿鲁科尔沁部，南迁西拉木伦河流域，归顺后金。天聪五年，喀喇沁部贵族毕拉式汗、布颜台吉、苏布地塔布囊、万丹卫征塔布囊、图琳固英塔布囊，以及东土默特贵族鄂木布楚琥尔洪台吉、善巴塔布囊等亦陆续归附皇太极，人众或被收入八旗，或安置于辽西一带，演变为昭乌达盟诸旗。
天聪六年，原服属察哈尔的翁牛特部，亦“以避林丹汗虐”，在逊杜棱、栋岱青等贵族率领下向皇太极称臣。
这样，构成日后昭乌达盟基础的蒙古部落，亦大体上均已处于后金政权统治之下。天聪八年，为免遭后金与漠南蒙古诸部联军讨伐，林丹汗率部西迁青藏，于闰八月间，病死于甘肃大草滩，“其子及国人皆欲来归”，纷纷降附后金。
天聪十年四月，皇太极于盛京称帝，更国号为“清”，漠南十六部四十九台吉前往朝贺，奉上“博格达彻辰汗”尊号，承认其为蒙古共主。
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